In 1989, este semnalat in fruntea unei rebeliuni nordiste, LRA, care afirma ca doreste rasturnarea regimului presedintelui ugandez Yoweri Museveni. Dupa aceea, LRA se evidentiaza prin atrocitati - rapiri de copii pentru a-i transforma in soldati sau sclavi sexuali, asasinate atroce de civili cu lovituri de hacha, de bata, taindu-i pana mureau. Recrutii LRA erau adesea siliti sa bea sangele victimelor sau sa-si ucida tatal ori mama. Potrivit unor apropiati, Joseph Kony a avut multa vreme baza in sudul Sudanului, primind ani la rand sustinerea guvernului de la Khartum si traind in "palate". El a avut cel putin 27 de femei si 42 de copii, din care unii au murit in timpul confruntarilor armate, sustin mai multe din fostele sale concubine intalnite de reporterii AFP in nordul Ugandei. Una dintre ele, Evelyn, rapita de LRA si silita sa se "casatoreasca" cu Kony inainte de a fi eliberata de armata ugandeza, relateaza ca Joseph afirma ca executa vointa lui Dumnezeu, doreste rasturnarea guvernului si impunerea celor 10 Porunci ale Bibliei. El se autonumeste "Profesorul", "Sfantul Parinte", "Mare Maestru", iar fostii sai apropiati ii atribuie puteri supranaturale. Intr-o caseta video facuta publica in mai, Kony se declara gata sa faca pace cu guvernul de la Kampala, iar in iulie, presedintele ugandez anunta o amnistie totala daca se finalizeaza negocierile de pace. Astazi, aceste negocieri sunt in impas si chiar Egeland preciza dupa intalnirea cu cei doi criminali cautati de CPI ca negocierile au ajuns la stadiul in care "trec sau se sparg". La Juba, in Sudan, Egeland a declarat ca esecul discutiilor vizand sa puna capat a peste doua decenii de razboi civil brutal in nordul Ugandei "ar putea avea consecinte catastrofale nu doar pentru ambele parti aflate in conflict, dar si pentru populatiile din nordul Ugandei, din sudul Sudanului, din Republica Democratica Congo si din cea Centraficana".
